고등학교 3학년인 소년 아라라기 코요미는 3년간 한 번도 말을 해 본 적이 없는 같은 반 센조가하라 히타기의 비밀을 우연히 알게 된다. 그녀의 비밀은 다름 아닌 체중이라고 할 만한 게 거의 없다는 것이었다. 기이한 게를 만난 이후, 그 게에게 자신의 체중을 빼앗겼다고 하는 히타기. 그녀의 이야기를 듣고 코요미는 자신도 과거에 비슷한 체험을 한 것을 기억하는데….

어떤 마을에서 사는 소년, 요시키. 폐쇄적인 환경을 혐오하며, 동갑내기 죽마고우인 히카루와 함께 몇 년이나 변함없는 나날을 살아왔다. 오늘도 평소와 똑같은 얼굴로 평소와 다름없이 옆에 있는 죽마고우. 그러나 요시키는 히카루가 다른 무언가로 바뀌어 있음을 확신한다. 동시에 마을에서는 괴상한 사건이 일어나는데…….