우둔하긴 하지만 열심인 학생 샤를르보바리는 의사가 된다. 그러나 어머니의 권유로 나이가 들고 히스테리가 심한 과부와 결혼하게 되고, 토스트라는 마을에서 개업을 한다. 아내로부터 심한 구속을 받고 사는 샤를르는 환자들을 찾음으로써 그 중에서도 특히 인근 마을의 농장 주인 루오 영감을 자주 찾아 보아 줌으로써 위안을 삼는다. 그 영감에게 엠마라는 딸이 있었는데 그녀는 미인일뿐 아니라 수도원 학교에서 몇 해를 공부했기 때문에 학식도 있고 이상도 크고, 거기다가 문학까지도 애호하는 여자였다. 샤를르는 자기도 므르는 사이에 반해 버린다. 얼마 후에 갑자기 아내가 발작을 일으켜 죽게 되자 엠마에게 청혼하고 재혼을 한다. 엠마는 처음에 샤를르에게서 호감을 느끼나, 결국 사람은 호인이지만 둔하고 대식가이며 꾸벅꾸벅 졸기만 잘하는 평범한 시골 의사인 남편에게 계속해서 실망을 하게된다. 그러던 중 어느날 근처 성에서 있었던 무도회에 초대받아 참석한 것을 계기로 수도원 시절에 품었던 사치스러운 꿈과 낭만적인 정열이 눈을 뜬다.
엠마의 투정과, 임신으로 인한 짜증 때문에 샤를르는 더나 용비르로 이주한다. 그곳에서 엠마는 레옹이라는 젋은 법률서기와 알게 되고 서로 호의를 품게 되지만 그들의 감정이 사회윤리적으로 용납받을 수 없음에 한계를 느껴 각자 자제를 한다. 결국 레옹은 법률 공부를 하기 위해 파리로 떠나 버리는데 그때서야 비로소 엠마는 레옹이 없는데서 오는 심한 고독감을 느낀다. 게다가 전부터 너무나 평범한 남편에 대해서 품고 있던 불만과 권태가 합쳐져 그녀의 마음은 어떤 힘찬 새로운 위안을 갈망하기에 이른다. 그때 마침 레옹을 대신해 머리 좋고 성격이 거친 이웃의 시골 신사 로돌프 블랑제가 나타난다. 마을에서 열린 농업공진회에 참석하는 동안 여자에게 능란한 로돌프는 엠마를 유혹하고 순진한 엠마는 어느덧 사랑에 빠져 타락해 간다. 한편으로 엠마에게는 무능한 남편을 도와서 그를 출세시키고 자기도 그 명예를 누리고 싶은 욕망도 있다. 그때 이웃에는 세속을 대표하는 성격의 소유자인 오메라는 약사가 있었는데, 엠마에게 남편의 출세를 도울 새로운 수술법을 권했다.
명예욕으로 귀가 솔깃해진 엠마는, 여관집 마부인 절름발이 남자에게 구부러진 다리를 곧게 펴게하느 새로운 치료법을 설명하고 남편으로 하여금 그 새로운 수술을 시켰으나 실패로 돌아간다. 엠마는 다시 한번 무능한 남편에게 정이 떨어져서 로돌프와 더욱 깊은 관계를 갖게 되고, 결구 둘이서 도망할 계획을 실행한다. 하지만 마지막 순간에 로돌프는 엠마가 주체스러워서 그녀 몰래 용빌르를 떠나 버린다. 엠마는 절망한 나머지 자살하려고까지 결심했으나 죽지도 못하고 심한 병을 앓는다. 병의 회복기에 들어서자 오메의 권고로 샤를르는 엠마를 루앙의 오페라에 데리고 가는데, 마침 그곳에서 레옹을 만나 엠마는 다시 한번 그와 깊은 사랑에 빠진다. 엠마는 피아노 레슨을 받는다는 구실로 매주 루앙으로 나와 레옹과 밀회를 즐긴다. 그러는사이 샤를르도 모르게 집에서는 빚이 쌓인다. 엠마는 빚을 갚을 돈은 만들려고 동분서주해 보지만 빚을 갚을 길이 없음을 알게 된다. 결국 집과 모든 재산이 차압당하게되자, 엠마는 오메의 약국에서 훔친 비소를 먹고 죽는다.
